Altöttinger Orgeln
St. Magdalena
Das musikalische Konzept resultiert zunächst aus den platzmäßigen Gegebenheiten des historischen Gehäuses, was die Größe der Orgel anbelangt, und stilistisch aus der hochbarocken architektonischen Gestaltung von Kirche und Gehäuse, ohne die heutige Musizierpraxis zu vernachlässigen. Demnach wurden bewusst süddeutsche und teilweise italienische Klangelemente als Hintergrund gewählt und daraus in freier Manier ein in sich geschlossenes, aber in den Einzelstimmen sehr farbiges und eigencharakteristisches Klangbild entwickelt. Zum technischen Bereich ist anzumerken, dass natürlich die Schleiflade mit vollmechanischer Ton- und Registertraktur Verwendung fand, allerdings aus Platzgründen mit einer modernen Windanlage, d.h. ein Vorbalg und in die Windladen integrierte Schwimmerbälge. Die Spielanlage ist auf der Südseite der Empore angeordnet in Form eines freistehenden Spieltisches mit Blick des Organisten zur Orgel.
St. Magdalena besitzt ein weiteres Orgelwerk und zwar ein Fern-Werk, das 1927 von der Orgelbaufirma Cäcilia-AG, Salzburg eingebaut wurde. Es befindet sich im Dachboden des Klostergebäudes hinter dem Hochaltar und ist durch einen Schallkanal mit der Maueröffnung zur Kirche hin verbunden. Dieses Teilwerk wurde restauriert und das Register Harmonia aetherea rekonstruiert, sodass es jetzt wieder ihren ursprünglichen Klang und Charme besitzt. Ebenso wurde das „Orgelhaus“ des Fernwerks erneuert, vor allem im Hinblick auf den Brandschutz. Dies brachte auch eine wesentliche Klangverbesserung, wobei die dynamische Wirkung durch neue, dickwandige Schwellerjalousien am Eingang des Schallkanals verbessert wurde. Das Fernwerk ist vom III. Manual des Hauptorgelspieltisches aus spielbar und mittels elektrischer Kontakte auch koppelbar.
Jann-Orgel in der Stiftskirche
Schon seit den 80er Jahren mehren sich die großteils durch schlechtes Baumaterial bedingten Schäden an Orgelwerk und Traktur derart, dass sich die Kirchenstiftung zum Bau einer neuen Orgel entschloss. Den Auftrag erhielt die Orgelbaufirma Jann in Allkofen bei Regensburg. Im September 2000 war das Werk vollendet. Mit dieser mechanischen Schleifladen-Orgel, die über 49 klingende Register mit 3473 Pfeifen in vier Werken verfügt, kehrt auch der Spieltisch wieder in die Mitte zurück. Da die erhaltenen Register der Hechenberger-Orgel von 1904 noch verwendbar sind, wurden die als eigenständige Orgel mit 29 klingenden Registern und 1632 Pfeifen in drei Werken, die sowohl vom Hauptspieltisch aus als Fernwerk als auch von einem eigenen Spieltisch aus als Chororgel gespielt werden kann, hinter dem Hochaltar der Stiftspfarrkirche eingebaut. Damit verfügt die Stiftspfarrkirche wieder wie in alten Zeiten über zwei, allen liturgischen und konzertanten Ansprüchen genügende Orgeln. Mit insgesamt 78 Registern und 5105 Pfeifen bietet die Orgelanlage einen fast unbegrenzten Reichtum an Klangfarben und Kombinationsmöglichkeiten.
St. Anna-Basilika
Die St. Anna-Basilika beherbergt zwei verschiedene und voneinander separat spielbare Instrumente. Die Marienorgel, die größere der beiden, wurde 1976 von der Orgelbaufirma G. Schmid aus Kaufbeuren erbaut und gehört mit ihren fünf Manualen zu den größten Kirchenorgeln Deutschlands. Die Chororgel wurde im Jahre 1972 von der Firma I. Wastlhuber erbaut. Beide Orgeln besitzen eine mechanische Spieltraktur und eine elektrische Registertraktur mit Schleifladen.