St. Magdalena
Östlich der Gnadenkapelle liegt die 2001 – 2004 renovierte barocke Kapuzinerkirche St. Magdalena. Ihre Entstehung ist verbunden mit dem Wirken der Jesuiten (bis 1773) in Altötting. 1591 waren sie zur Wallfahrtsseelsorge nach Altötting berufen worden. 1593 begannen sie mit dem Bau eines Klosters und einer kleinen Kirche. 1697 bis 1700 wurde von dem Jesuiten-Laienbruder Thomas Troyer aus Mittersill/Salzburg die heutige Kirche erbaut. Ein Wandpfeiler-Bau im Stil des „Jesuitenbarock“, ein stattliches Bauwerk: Länge 27,5 m, Breite 17 m, Höhe 17,5 m. Das Innere ist lichtdurchflutet und von festlicher Stimmung. Die Fassade ist schön gegliedert. In der Mitte und in den Seitenfeldern des Giebels sind in drei Nischen Maria, die Schutzfrau Bayerns, der Jesuit Petrus Canisius und der Kapuziner Laurentius von Brindisi zu sehen.
Besonders beachtenswert sind der üppige Stuck, dessen unbekannte Meister vermutlich aus Oberitalien stammten, die prachtvollen spätbarocken Seitenaltäre (1712÷13) mit Gemälden des Münchner Hofmalers Johann Caspar Sing, und der Hochaltar (1795) mit einem Gemälde der hl. Magdalena unter dem Kreuz vom Münchener Hofmaler Christian Winck.
Kloster und Kirche haben eine wechselvolle Geschichte:
Am 21. Juli 1773 wurde der Jesuitenorden aufgelöst, am 6. Oktober 1773 musste das Kloster geräumt sein. 1774 wurde in den verlassenen Räumen ein Priesterhaus eingerichtet. 1781 gründete Kurfürst Karl Theodor ein bayerisches Großpriorat des Malteserordens. Kirche und Kloster wurde dem geistlichen Ritterorden überlassen. 1791 bis 1795 führten die Malteser eine große Restauration der Kirche durch. Im Giebel des Hochaltares erinnert das Malteserkreuz an diese Zeit. 1808 verschwand mit der Auflösung des Ordens als geistlicher Ritterorden die geistliche Kommende in Altötting. Weltpriester führten allein das Haus weiter, bis 1841 die Gebäude samt Kirche den Redemptoristen übergeben wurden. Während des Kulturkampfes wurden die Redemptoristen 1873 aus Deutschland ausgewiesen. In das wiederum verwaiste Kloster zogen am 4. Oktober 1874 die Kapuziner ein. Nach der Renovierung von Kloster und Kirche (2001 – 2004) leben die Altöttinger Kapuziner in St. Magdalena. Ihre Aufgabe ist die seelsorgliche Begleitung der Wallfahrer.
Die Magdalenenkirche ist die Beichtkirche in Altötting. Bei der Renovierung der Kirche wurden nicht nur die vorhandenen Beichtstühle verbessert, sondern fünf Beichtzimmer angebaut. Seelsorgsgespräch und Beichte werden dort angeboten. Im Klosterbereich liegt das Jugendübernachtungshaus, „ein Dach für die Jugend“. Es bietet preiswerte Übernachtungsmöglichkeiten auf Selbstversorgerbasis.